Fue Coronel de la Independencia y uno de los fundadores de Luján. Su historia está ligada a la construcción de la Historia de la Iglesia de la Virgen. En su honor, una calle del pueblo lleva su nombre.
El 22 de julio de 1868 falleció en Luján, el Coronel de la Independencia Juan Francisco Loyola. Fue un meritorio y reconocido Defensor del Orden en San Luis. Fue uno de los fundadores de la Villa de Luján.
Entre sus cargos públicos se destacan: Miembro de la Sala de Representantes (en 1827), Juez de Paz y miembro de la Comisión Arbitral (en 1844) y miembro del Tribunal de Enjuiciamiento de los revolucionarios de ese año (en 1848)
En 1850, presidió la comisión encargada de la edificación de la Iglesia en Luján, en cumplimiento de una promesa realizada a la Virgen.
Cuenta la tradición que el Coronel Loyola, se encontró en una ocasión en duro trance frente a los Colorados, grupo de montoneros provenientes de La Rioja y que irrumpían con gran frecuencia en la parte norte de nuestra provincia. En esa circunstancia se escondió en el tronco de un grueso ·árbol y le prometió a la Virgen que si se salvaba le haría erigir una Iglesia. Y así lo hizo. La construcción se realizó sobre un terreno donado por Èl y por D. Evaristo Ochoa, comenzó en 1850. En la puerta de la misma, hizo grabar sobre el dintel de fuerte algarrobo: ìConstruida por el Tte. Coronel Juan Francisco Loyola. 1850î. La misma fue inaugurada al culto dos años después de la muerte de Loyola (en 1870) y se trasladó a ella la imagen de Nuestra Señora de Luján. A partir de ese entonces la Villa cambió su nombre por el actual.
En 1858, fue Presidente de la Comisión encargada de construir la escuela en la localidad de Luján.
Entre las batallas en las que participó se destacan la acaecida en 1862, enfrentando a los Montoneros en La Rioja a las Órdenes del Coronel Rivas. En 1863, fue Comandante Militar del Departamento Ayacucho; fue herido por Fructuoso Ontiveros en el encuentro que tuvieron en Luján. La batalla sucedió el 19 de marzo de ese año en Río Seco (Luján), Ontiveros y Puebla con más de 200 hombres derrotan al coronel Juan Francisco Loyola y sargento mayor Leoncio Leyes con menos de 100 hombres, en la retirada hieren a Loyola en Las Higueritas.
En un segundo combate lo enfrentó acompañado por el Comandante Bustamante derrotándolo y dándole muerte. En San Ignacio, después de la derrota del general Sa·, persiguió a la indiada que lo acompañaba.
Fue defensor de la Villa hasta su muerto. Probablemente pidió su retiro en junio de 1868, un mes antes de su fallecimiento.
Después de su muerte, en cumplimiento de su voluntad, se abre el testamento, el que fue escrito en la ciudad de San Juan en 1864.
En su honor, una calle de Luján lleva el nombre de Coronel Juan Francisco Loyola
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